Хронический апикальный периодонтит клинически протекает бессимптомно. При этом существует прямая связь между размером периапикального поражения и степенью или распространенностью бактериальной инфильтрации и некроза ткани в корневом канале.

Хронический периапикальный дефект имеет 3—4 основных составляющих:

• очаг инфильтрации из лимфоцитов и плазмоцитов;
• в центральном участке или на периферии может обнаруживаться грануляционная ткань с фибробластами либо она отсутствует вовсе;
• может пролиферировать остаточный эпителий Малассе (образование кисты);
• формируется соединительнотканная капсула с фибробластами и пучками коллагеновых волокон,
• Повышение концентрации антител при острых дефектах и снижение ее после эндодонтического лечения свидетельствуют о том, что обработка корневого канала и удаление инфицированной бактериями ткани при хроническом апикальном периодонтите является той терапией, в пользу которой следует сделать выбор.

Резюмируя, можно сказать, что хронический апикальный периодонтит является клинически асимптомным воспалением в равновесии между бактериальной инфекцией и ответной защитной реакцией организма в «состоянии покоя».
Часто используемое понятие «гранулема» в этой связи скорее вводит в заблуждение, поскольку она не является воспалением, в котором господствуют макрофаги, а представляет собой воспаление, в котором доминируют лимфоциты и плазмоциты. Кроме того, в зависимости от степени активности заболевания присутствуют также полиморфноядерные клетки.