Частота появления отдельных бактерий может варьировать от 100 до более 10 млн. Величина периапикального поражения напрямую зависит от числа видов бактерий и их представителей. Из корневых каналов зубов со значительными дефектами можно выделить большее число штаммов бактерий.
Динамика бактериальной инфекции в корневом канале была исследована в ряде экспериментов на животных. В зубах, инфицированных бактериями из слюны и затем герметизированных, на протяжении периода, доходившего до 3 лет, вначале существенно чаще обнаруживались факультативные анаэробы. Однако через 6 мес. число этих бактерий снижалось до менее чем 2%. Доля штаммов облигатно анаэробных бактерий возросла. Селективный механизм внутри корневого канала способствовал развитию специфических условий внутренней среды.
В корневых каналах часто удается выявить наличие бактерий, находящихся в симбиозе друг с другом. Бактериальную колонизацию корневого канала оказывают влияние многие факторы. Бактерии могут использовать продукты метаболизма, образуемые другими бактериями в качестве питательных веществ. Даже бактериоцин, выделяемый определенными микроорганизмами, может подавлять или стимулировать рост других бактерий.
Бактерии в инфицированных корневых каналах выделяют ферменты, которые повышают их патогенность. Так, иммуноглобулины организма-хозяина могут быть инактивированы снижают фактор комплемента СЗ. Оба этих фактора являются важными опсонинами для фагоцитоза этих бактерий во время защитного процесса способна одновременно понижать уровень ингибиторов протеиназы, которые важны для сохранения целостности ткани, окружающей участок инфекции.
Некротизированная пульпа при отсутствии бактериальной инфекции никогда не приводит к возникновению периапикального поражения. Апикальный периодонтит начинает развиваться только при наличии бактерий.
Персистирующая микробная инфекция является основной причиной неудач эндодонтического лечения. Согласно недавно опубликованным исследованиям, микробный состав безуспешно пролеченных корневых каналов значительно отличается от состава в нелеченых инфицированных каналах. В некротизированной пульпе обнаруживается полимикробная среда, состоящая из 4—7 видов, в основном анаэробных, примерно в равной мере грамотрицательных и грамм положительных. В отличие от этого в зубах с уже запломбированными корневыми каналами с персистирующим периапикальным поражением обнаруживается зачастую только единственный микроорганизм, как моноинфекция — чаще всего. Преобладают грамположительные микроорганизмы, составляющие 83,3%. В 57% имеются факультативные анаэробные, а в 42,6% — облигатные анаэробные микроорганизмы. Встречающийся как правило, ассоциируется с клиническими симптомами.
Некроз пульпы является необратимым состоянием, характеризующимся деструкцией ткани. Он может быть локализованным, также возникать во всей коронковой пульпе либо в коронковой или корневой ее части. Причинами некроза пульпы являются в основном бактериальные инфекции и следующая за ними воспалительная защитная реакция, причем распространенность некроза напрямую связана с бактериальной инвазией.